Преподобноисповедник Севастиан родился 28 октября 1884 года в селе в селе Косьмо-Демьянское (вероятно ЕЛЕЦКИЙ УЕЗД)  Орловской губернии (ныне территория Липецкой епархии) в семье крестьян Василия и Матроны Фоминых и в крещении наречен был Стефаном в честь преподобного Стефана Савваита. В семье было три сына — Иларион, Роман и Стефан. В 1888 году, когда Стефану исполнилось четыре года, родители свозили сыновей в Оптину Пустынь благословиться у старца Амвросия. В 1888 году умер отец, а на следующий год мать, и остались братья сиротами семнадцати, одиннадцати и пяти лет. Старший, Иларион, после смерти родителей женился, средний, Роман, в 1892 году ушел в Оптину Пустынь и был принят послушником в Иоанно-Предтеченский скит, младшему, Стефану, пришлось остаться со старшим братом и помогать ему по хозяйству.

Живя с братом, Стефан окончил церковноприходскую школу, причем показал хорошие способности в обучении, и приходской священник стал давать ему читать книги из своей библиотеки. Для обычных крестьянских работ Стефан оказался слаб здоровьем, и большей частью ему приходилось быть в селе пастухом. Озорные сверстники недолюбливали его за смирение и кротость и называли «монахом». Самым большим для него утешением стало посещение брата Романа в Оптиной Пустыни, что бывало всякий раз после окончания крестьянских работ.

В 1908 году Роман Васильевич принял монашеский постриг с именем Рафаил, а 3 января 1909 года Стефан был принят келейником к старцу Иосифу (Литовкину). «Жили мы со старцем, — вспоминал он, — как с родным отцом. Вместе с ним молились, вместе кушали, вместе читали или слушали его наставления»[1].

9 мая 1911 года преподобный Иосиф скончался, и в его келье поселился старец Нектарий (Тихонов), при котором Стефан остался келейником, перейдя под его духовное руководство. 15 марта 1912 года Стефан был определен в число братии.

В 1917 году Стефан был пострижен в монашество с именем Севастиан в честь мученика Севастиана.

В 1923 году монах Севастиан был рукоположен во иеродиакона. В июне 1924 года был закрыт последний храм в Оптиной — Казанский, и братия разошлась кто куда, большей частью поселившись в Козельске; здесь вместе с другими поселился и иеродиакон Севастиан.

В 1927 году он был рукоположен во иеромонаха, в 1928 году стал служить в Ильинской церкви в городе Козлове[2] Тамбовской области, с 1929 года он ходил в Ильинский храм только молиться, а служил в квартире, где жил; в службах ему помогали приехавшие к нему монахиня Феврония (Тихонова), инокиня Софийской женской общины Рязанской епархии Агриппина (Артонкина) и монахиня Краишевского Тихвинского монастыря Саратовской епархии Варвара (Сазонова).

25 февраля 1933 года все они вместе с отцом Севастианом были арестованы и заключены в тамбовскую тюрьму.

Его отправили в Карагандинский лагерь в поселок Долинка, куда он прибыл с этапом заключенных 26 мая 1934 года. 29 апреля 1939 года отец Севастиан был освобожден и поселился в Караганде.

С января 1966 года здоровье его сильно ухудшилось, обострились хронические заболевания. Схиархимандрит Севастиан умер на Радоницу 19 апреля 1966 года в 4 часа 45 минут. 16 апреля 1966 года батюшка принял постриг в Великую схиму от рук Владыки Питирима (Нечаева), специально прилетевшего из Москвы. Ранним утром 19 апреля 1966 года, на Радоницу, благодатный старец блаженно почил. Погребён он был на Михайловском кладбище.
В 1997 году схиархимандрит Севастиан был прославлен как местночтимый святой Алма-Атинской епархии. 4 ноября 1997 года были обретены святые мощи старца Севастиана и перенесены в новый храм Рождества Пресвятой Богородицы в Караганде.
На Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года схиархимандрит Севастиан был причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания