Свя­щен­но­му­че­ник ар­хи­манд­рит Сер­гий (в ми­ру Ва­си­лий Пав­ло­вич Ше­ин) ро­дил­ся 30 де­каб­ря 1870 го­да в де­ревне Колп­на Но­во­силь­ско­го уз­да Туль­ской гу­бер­нии. Во свя­том Кре­ще­нии был на­зван в честь Свя­ти­те­ля Ва­си­лия Ве­ли­ко­го (празд­ну­ет­ся 1 ян­ва­ря). Он был де­ся­тым ре­бён­ком в се­мье кол­леж­ско­го сек­ре­та­ря Пав­ла Ва­си­лье­ви­ча Ше­и­на и его су­пру­ги На­та­льи Аки­мов­ны.
Дво­рян­ский род Ше­и­ных — бе­ру­щий своё на­ча­ло от Ми­ха­и­ла Пру­ша­ни­на, «му­жа храб­ра и чест­на», вы­ехав­ше­го из По­рус­сии к свя­то­му Ве­ли­ко­му Кня­зю Алек­сан­дру Нев­ско­му (па­мять 30 ав­гу­ста и 23 но­яб­ря) — из­древ­ле сла­вен в ис­то­рии на­ше­го го­су­дар­ства, укра­сив­шись име­на­ми мно­гих вер­ных слуг и за­щит­ни­ков ве­ры, Са­мо­дер­жа­вия и Оте­че­ства.
В 1893 го­ду Ва­си­лий Пав­ло­вич окон­чил Учи­ли­ще Пра­во­ве­де­ния и по­сле­до­ва­тель­но за­ни­ма­ет ряд от­вет­ствен­ных ру­ко­во­дя­щих долж­но­стей, со­сто­ит по­мощ­ни­ком статс-сек­ре­та­ря в Пра­ви­тельству­ю­щем Со­ве­те, а в 1913 го­ду от сво­ей род­ной Туль­ской гу­бер­нии из­би­ра­ет­ся в чле­ны Го­судар­ствен­ной Ду­мы IV со­зы­ва, бу­дучи дей­стви­тель­ным стат­ским со­вет­ни­ком. 

В 1917–1918 го­дах он вхо­дит в со­став Сек­ре­та­ри­а­та Свя­щен­но­го Со­бо­ра Пра­во­слав­ной Рос­сий­ской Церк­ви в ка­че­стве сек­ре­та­ря. Был по­след­ним, при­вет­ство­вав­шим Свя­тей­ше­го Пат­ри­ар­ха Ти­хо­на на его из­бра­нии 21 но­яб­ря 1917 го­да. В день па­мя­ти свя­то­го бла­го­вер­но­го Ве­ли­ко­го Кня­зя Алек­сандра Нев­ско­го (30 ав­гу­ста 1920 го­да) Ва­си­лий Пав­ло­вич при­нял по­стриг с име­нем Сер­гий в честь пре­по­доб­но­го Сер­гия, игу­ме­на Ра­до­неж­ско­го. Вско­ре он при­ни­ма­ет свя­щен­ни­че­ский сан и воз­во­дит­ся в сан ар­хи­манд­ри­та, а в ап­ре­ле 1921 го­да на­зна­ча­ет­ся на долж­ность на­сто­я­те­ля Пет­ро­град­ско­го Пат­ри­ар­ше­го Тро­иц­ко­го по­дво­рья на Фон­тан­ке. Отец Сер­гий нёс так­же долж­ность за­ме­сти­те­ля пред­се­да­те­ля Прав­ле­ния Цер­ков­но­го Об­ще­ства объ­еди­нён­ных Пет­ро­град­ских Пра­во­слав­ных при­хо­дов.

10 июня 1922 го­да в Пет­ро­гра­де на­чал­ся «об­ви­ни­тель­ный про­цесс по де­лу о со­про­тив­ле­нии изъ­я­тию цер­ков­ных цен­но­стей». От­цу Сер­гию, в част­но­сти, вме­ня­лось в ви­ну член­ство в Об­ще­стве Пра­во­слав­ных при­хо­дов. Ви­на его усу­губ­ля­лась так­же «отяг­ча­ю­щи­ми об­сто­я­тель­ства­ми», та­ки­ми как дво­рян­ское про­ис­хож­де­ние и выс­шее об­ра­зо­ва­ние.

5 июля был огла­шён при­го­вор три­бу­на­ла, по ко­то­ро­му свя­щен­но­му­че­ни­ки мит­ро­по­лит Пет­ро­град­ский и Ла­дож­ский Ве­ни­а­мин (Ка­зан­ский) и вме­сте с ним ар­хи­манд­рит Сер­гий (Ше­ин), ми­ряне Юрий Но­виц­кий и Иван Ков­ша­ров при­го­ва­ри­ва­лись к рас­стре­лу.
В ночь на 31 июля (13 ав­гу­ста н. ст.) 1922 го­да бы­ли рас­стре­ля­ны.
Про­слав­лен но­во­му­че­ник в 1992 го­ду на Ар­хи­ерей­ском со­бо­ре Рус­ской Пра­во­слав­ной Церк­ви.