Родился 26 июля 1840 года в семье дворянина г.Орла. На четвертом году от рождения он лишился отца, а на десятом – матери. Домашнее воспитание получил в доме тетки. Среднее образование – в Орловской гимназии, куда поступил прямо в четвертый класс в 1853 году. По окончании курса учения в гимназии он поступил в Московский университет на юридический факультет, где с большим рвением занялся изучением юридических наук. Глубокая религиозная настроенность, полученная им еще с малых лет, побудила его порвать связи с мирскими влечениями, и на четвертом курсе он решил окончательно отдаться служению Святой Церкви в иноческом звании. Уволившись с этого курса, он пешком направился за 90 верст в Николо-Спешинский монастырь, где был принят в число послушников и назначен на черные послушания при кухне и трапезной.

10 декабря 1863 года поступил послушником в Московский ставропигиальный Симонов монастырь.

23 декабря был посвящен в стихарь.

С глубоким христианским смирением исполнял он сначала черные работы, а затем назначен был на высшее послушание в храм, где в качестве пономаря обязан был следить за чистотой храма и его утвари, вытирать пыль и сметать сор.

В 1866 году он поступил частным секретарем к архимандриту Гурию, назначенному настоятелем русской посольской Церкви в Риме.

В том же году 17 февраля был пострижен в монашество, а 18 февраля рукоположен во иеродиакона.

Вследствие перерыва сношений русского правительства с папским двором архимандрит Гурий и иеродиакон Флавиан оставили Рим и направились в Неаполь, а оттуда в г.Казань, куда архимандрит Гурий был назначен на кафедру епископа Чебоксарского, вик. Казанской епархии, с поручением ему управления Спасо-Преображенским монастырем.

Здесь в 1867 году иеродиакон Флавиан зачислен был в число названной обители и 9-го апреля рукоположен во иеромонаха.

15 февр.1868 года перемещен по собственному желанию в Симферополь в число братии Таврического архиерейского дома, где исполнял многочисленные обязанности, возлагаемые на него духовным начальством.

В 1871 году нес обязанности инспектора классов и законоучителя Таврического епархиального женского училища, где безвозмездно преподавал географию и был духовником при архиерейском доме.

16 апреля 1873 года определен настоятелем Бахчисарайского Успенского скита.

6 июня того же года назначен членом Пекинской миссии. С апостольской ревностью в течение десяти лет проходил он здесь свое миссионерское служение. Прежде всего он с рвением занялся изучением китайского языка, как разговорного, так и письменного. Затем, по поручению начальника миссии, принял на себя труд перевода на китайский язык богослужебных книг и книг религиознонравственного содержания, составляя в то же время и самостоятельные сочинения, полезные для дела миссии. Много потрудился он и над приведением в порядок оставленных ему архимандритом Палладием материалов для китайско-русского словаря, впоследствии изданного. Помимо этих работ, ознакомившись с китайскими нравами и верованиями, он вел беседы с язычниками-китайцами.

2 января 1879 года назначен был начальником Пекинской духовной миссии и возведен в сан архимандрита.

Благодаря его неусыпным трудам и стараниям, богослужение стало совершаться на китайском языке. Православная паства в Китае стала увеличиваться с каждым годом.

В 1882 году архимандрит Флавиан был в Японии у епископа Николая для представления одного китайца к рукоположению в священный сан. Десятилетнее миссионерское служение, полное всяких невзгод и лишений, утомило, однако саоотверженного труженика, и он просил у Святейшего Синода необходимого отдыха.

В 1884 году по возвращении в Россию был зачислен в число братии Александро-Невской Лавры.

2 февраля 1885 года хиротонисан во епископа Аксайского, вик. Донской епархии. (В БЭС т.1, стб.768, ошибочно указан год пребывания на этой кафедре 1880-й).

С 29 июня 1885 года – епископ Люблинский, вик.Холмско-Варшавской епархии.

С 14 дек.1891 года – епископ Холмский и Варшавский. Здесь он вел борьбу с воинствующим католицизмом, высоко держа знамя православия.

15 мая 1892 года возведен в сан архиепископа с оставлением Холмским и Варшавским.

С 1892 по 1894 год присутствовал в Св.Синоде.

14 мая 1896 года награжден панагией с украшениями.

С 21 февр. 1898 года – архиепископ Карталинский и Кахетинский – Экзарх Грузии.

В этом же году награжден бриллиантовым крестом для ношения на клобуке и утвержден постоянным членом Св.Синода.

1898–1899 гг. – почетный член Духовных Академий Казанской и С.-Петербургской.

С 10 ноября 1901 года – архиепископ Харьковский и Ахтырский. На этой кафедре пробыл он всего четырнадцать месяцев, но и за это немногое время сделал весьма многое. При нем преобразован был епархиальный сиротский приют. Усилилась религиозно-просветительная деятельность духовенства. Возникли проповеднические кружки, открылись пастырские собеседования во многих пунктах города, учреждено религиозно-просветительное братство. Он придавал особенное значение уставности, благолепию и осмысленности в совершении всех служб церковных и треб.

Прилагая заботы о развитии церковно-школьного дела в епархии, владыка благожелательно относился и к светской школе, проявляя трогательную заботливость и попечение о ней, о преподающих и обучающихся в ней. Он оказывал внимание и Харьковскому университету, участвуя в его торжествах и совершая в церкви университета богослужения. Что касается духовно-учебных заведений, то они пользовались особым его вниманием и доброжелательством. Владыка содействовал улучшению учебного и воспитательного в них дела, заботился об улучшении их содержания, сокращал излишние по ним расходы, облегчая тем церкви и духовенство, вызывал упорядочение и строгость в ведении отчетности. Часто и усердно он совершал в их храмах богослужения, присутствовал на уроках, экзаменах и торжественных собраниях. По его предложению было открыто братство во имя св.великомученицы Варвары, имеющее целью оказывать материальную помощь бедным воспитанницам епархиального женского училища.

С 8 дек.1902 года – почетный член Киевской духовной академии.·

I февр.1903 года возведен в сан митрополита и награжден бриллиантовым крестом для ношения на митре.

С I февраля 1903 года – митрополит Киевский и Галицкий и священно-архимандрит Киево-Печерской Успенской Лавры.

29 авг.1911 года награжден правом предношения креста за богослужением.

Скончался 4 ноября 1915 года от астмы сердечной в Киевской Лавре.